神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以⾃⼰的⽅式守护着长安，追求着⼼中的正义。
世王集齐了世言铠，恢复了往昔的强大力量，他企图违背自然规律，加速进化进程，让“毁灭之力”席卷世界。灵犀令牌被毁，十阶冲破封印在即，黑暗再次降临。为了拯救人类世界和叶罗丽仙境，叶罗丽战士们不畏艰险，勇敢回到了自然之力充沛的远古仙境，向当时正处于力量强盛期的仙子们寻求帮助，与此同时，灵犀阁也开始行动，设法解救被薇夫人控制的伙伴们，并牵制住十阶。面对强大的灾难，人类并没有被打倒，而是选择凭借智慧和勇气，齐心协力应对挑战。人类与仙子们团结起来，一场关于爱与守护的终极决战即将打响!
